工厂搬迁赔偿会有两种情形，工厂可以与劳动者协商继续维持合同或协商解除劳动合同关系。协商解除劳动合同，需要向劳动者给付补偿金，每服务一年补偿一个月工资。工资主要是指近12个月的平均工资，超过半年不满一年按一年计算，不满半年按半年计算。工厂搬迁，员工不去的，否给予经济补偿，要具体衡量企业搬迁的距离及合理性因素，一个区之间搬迁，对员工工作生活影响不大的，公司可以不补偿。但是如果劳动地点发生变更的，必须单位与劳动者协商一致，协商不一致的因为劳动地点的变更属于重大变更，这种情况下，员工可与单位解除劳动合同，并且要求单位支付经济补偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付，六个月以上不满一年的，按一年计算，不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
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劳动合同变更时，劳动者可以要求补偿，但用人单位一般不会同意，这时劳动合同无法变更。根据《劳动合同法》有关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。当合同未到期，单位单方提出变更劳动合同，无法与劳动者达成一致的，劳动合同不得变更，不能视为劳动者提出解除劳动合同。如果单位以此解除劳动合同的，属于单位在劳动合同期内违法解除劳动合同，劳动者可以选择要求继续履行劳动合同或要求解除劳动合同并要求单位支付经济补偿金和赔偿金。
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员工与公司因履行劳动合同发生纠纷，双方可以协商解决，也可以请求工会或者本单位劳动争议调解委员会调解，协商和调解不成，申请劳动争议仲裁；也可以直接申请劳动争议仲裁。