身体有问题被强制军训并威胁毕业证，可申请免修或替代军训。分析：根据《教育法》及学生权益保护规定，学校应保障学生健康，不得强迫学生参加不适宜的活动。若学生因健康问题持有有效病历证明，有权请求免除军训。学校或教官无视病历证明强制军训，并威胁不给毕业证，这侵犯了学生的健康权和受教育权。提醒：若沟通无果，教官或学校态度强硬，甚至采取进一步威胁手段，表明问题已严重。此时，应及时向学校管理层、教育部门或法律援助机构反映，寻求帮助。
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具体操作：1. 准备材料：整理好病历证明、医生建议等相关材料，作为申请免修军训的依据。2. 明确表达：向教官或学校管理层详细说明个人健康状况及军训可能带来的风险，请求对方尊重病历证明的有效性，并考虑免除军训。3. 提交申请：若学校管理层未能给予合理回应，可向上级主管部门或教育部门提交书面申请，附上病历证明、沟通记录等相关证据。4. 跟进反馈：定期跟进申请进度，及时获取反馈。若仍未得到合理处理，可考虑聘请律师提供专业法律咨询和代理服务。5. 法律诉讼：在律师协助下，准备诉讼所需的相关材料，向法院提起诉讼，请求法院维护自身合法权益。同时，可考虑向媒体曝光此事，引起社会关注和支持。
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处理方式：从法律角度，面对身体有问题被强制军训并威胁毕业证的情况，常见的处理方式包括：1. 沟通协商：与教官或学校管理层沟通，明确表达个人健康状况及病历证明的有效性，请求免除军训。2. 寻求上级支持：若沟通无果，可向上级主管部门或教育部门反映情况，请求介入处理。3. 法律途径：若上述方式均无效，可考虑通过法律途径维护自身权益，如提起行政诉讼或民事诉讼。选择建议：根据具体情况灵活选择处理方式。若沟通能解决，则首选沟通；若需外部力量介入，则及时向上级或法律部门求助。