农民工的个税被劳务公司扣除并不违法。分析说明：根据《中华人民共和国个人所得税法》及《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，农民工提供的劳务获得的报酬，无论是工资还是劳务报酬，只要达到纳税标准，都应依法缴纳个人所得税。劳务公司作为支付农民工报酬的单位，有义务代扣代缴个人所得税。这是基于税收法律的明确规定，以确保税收的合法性和公平性。提醒：如果发现劳务公司存在随意提高税率、多扣税款或不提供扣缴明细等不合法行为，表明问题比较严重，应及时寻求税务部门或专业律师的帮助。
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在不同情况下的具体处理方式：***正常情况**：劳务公司按照法律规定代扣代缴农民工个人所得税，农民工无需额外操作，只需确保自己的收入情况与扣税明细相符。***疑问情况**：如果农民工对扣税情况有疑问，应首先向劳务公司财务部门提出咨询，要求提供详细的扣缴记录和计算方式。劳务公司有义务进行解释和说明。***争议情况**：如果劳务公司无法提供合理的解释或存在违法扣税行为，农民工可以向当地税务部门投诉或举报。税务部门将进行调查处理，确保税收法律的正确实施。同时，农民工也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。在处理过程中，农民工应保留好相关证据，如工资条、扣税明细等，以便在需要时提供证明。
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处理方式分析：从法律角度来看，农民工个税被劳务公司扣除是合法的代扣代缴行为。但农民工有权了解扣税明细，确保扣税的透明度和公正性。选择处理方式：*如果对扣税情况有疑问，可以向劳务公司财务部门咨询，要求提供详细的扣缴明细。*如果发现劳务公司存在违法扣税行为，可以向当地税务部门举报，维护自己的合法权益。