公司选择分两次发工资，若与员工协商一致则不违法。依据《工资支付暂行规定》，工资支付需按约定日期，双方约定分两次发即合法。不及时处理可能导致劳动争议，影响员工权益及公司声誉。
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处理公司分两次发工资的问题，常见方式有协商和投诉。首先应与员工协商明确，确保双方同意；若存在争议，可向劳动部门投诉，寻求法律帮助。选择方式时需考虑公司实际情况及员工反馈。
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分两次发工资需谨慎。操作如下：1.与员工协商，明确工资发放时间及方式，确保双方同意；2.签订书面协议，作为法律依据；3.按时发放，避免延误；4.若遇争议，及时与员工沟通或寻求法律途径解决，维护双方权益。