二开源码在符合一定条件下可以申请软著。

分析说明：从法律角度来看，二次开发的软件，只要包含了原创性的、足够的编程工作量，并且不侵犯原软件的版权，就可以申请软件著作权。关键在于二次开发部分是否具备独创性，即在原有软件基础上进行了创新和改进，有新的表现形式或功能。

提醒：如果二开源码存在大量抄袭或复制原软件代码的情况，或者申请过程中遭遇版权纠纷，这表明问题比较严重，应及时寻求专业人士的进一步解决。
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具体操作：

1. 准备申请材料：包括软件源代码文档（需标注软著名称、版本号及页数，并转化为PDF格式）、操作说明书（详细阐述软件操作步骤，多截图展示，转化为PDF格式）等。

2. 提交申请：登录中国版权保护中心官网，选择软件登记-计算机软件著作权登记申请，填写相关信息并上传申请材料。

3. 等待审核：提交后，等待中国版权保护中心对申请材料进行审核。审核过程中，可能会要求补充材料或进行复审。

4. 处理审核结果：若审核通过，将获得软件著作权证书；若审核未通过，需根据审核意见进行修改并重新提交申请。

在整个过程中，申请人应确保所有材料的真实性、准确性和完整性，以避免不必要的版权纠纷。
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处理方式：

从法律角度，二开源码申请软著的常见处理方式包括准备申请材料、提交申请、等待审核及可能的复审。

选择建议：申请人应确保申请材料齐全、准确，并遵循官方申请流程。若对申请流程不熟悉或遭遇版权问题，建议咨询专业知识产权律师或代理机构。